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河南省疾病预防控制中心下设行政办公室、党委办公室、人事处、财务处、药械处等5个行管处室，公共卫生研究所、传染病预防控制所、寄生虫病预防控制所、免疫预防与规划所、卫生检测检验中心、性病艾滋病防治研究所、地方病预防控制所、结核病预防控制所、健康教育与慢性非传染性疾病防治研究所等9个业务机构，以及纪检监察室、质量管理室、预防医学门诊部、离退休职工管理科、预防医学会办公室等5个直属科室。截止2007年底，在职职工429人（卫生专业技术人员322人），主任医（技）师22人，副主任医（技）师84人，硕士53人，博士3人，省优秀专家2人，享受政府特殊津贴1人，卫生部专家咨询委员会委员20人。
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