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丽水市疾病预防控制中心是于2001年8月20日在原丽水市卫生防疫站基础上组建而成的，是政府举办的实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和服务的公益事业单位，是全市疾病预防控制、卫生检验检测、健康教育、科研培训等业务技术的指导中心、科技研究中心、信息管理中心、人才培训中心。2004年10月，为加快城市公共卫生突发事件应急机制，完善疾病预防控制体制，丽水市编委发文，把丽水市疾控中心机构升格为副县（处）级事业单位。2007年10月2日，正式迁入位于寿尔福路28号新址办公。
丽水市疾病预防控制中心现有职工89人，其中高级职称15人，中级职称31人。中心下设11个科室，即：办公室、总务财务科、传染病预防与控制科、突发公共卫生事件应急处置科、重点传染病预防与控制科、健康危害因素监测与控制科、地方病与慢性非传染性疾病控制科、健康教育科、检验科、消杀与病媒生物监测科、莲都区分中心。
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